De nombreux éléments font obstacle à une étude minutieuse du génocide arménien de 1915-1916. Autant la mise en oeuvre fut rendue plus aisée par le contexte d'un conflit mondial, autant l'étude des faits s'avère singulièrement compliquée pour diverses raisons. Notons la négation persistante du crime ; la disparition d'une bonne partie des archives du comité central du parti Ittihad (Jeune-Turc) ; la destruction de la plupart de leurs archives personnelles par Talaat, Enver et Djemal, les trois dirigeants principaux d'Ittihad, avant leur fuite inattendue vers l'Allemagne à la fin de la guerre ; la décision de brûler tous les échanges télégraphiques relatifs aux déportations et aux massacres ; et la destruction, également par le feu, de toutes les pièces susceptibles de faire la lumière sur les agissements de l'Organisation spéciale (Teskilâti Mahsusa), par l'un de ses chefs, Esref Kuscubasi. Une complication supplémentaire réside dans le fait que Talaat et Enver avaient installé chez eux un système télégraphique spécial pour pouvoir envoyer des instructions secrètes qui annulaient souvent les ordres officiels relayés par les canaux habituels.
Malgré tout, on a pu reconstituer et vérifier la réalité du génocide arménien à travers différents documents turcs qui ont survécu, et que l'on peut regrouper comme suit.
Pour mettre en examen les auteurs du génocide, le tribunal a réuni un maximum de pièces (voir Les responsables devant les cours martiales).
Cette commission a interrogé, oralement et par écrit, les ministres des deux gouvernements de la guerre, dont deux dignitaires religieux, qui n'avaient pas encore fui le pays. L'ex-grand vizir Saïd Halim reconnut que l'Organisation spéciale fut créée sans l'assentiment du gouvernement et que son fonctionnement échappait à tout contrôle officiel. Il reconnut aussi que l'ordre de déportation avait pour but de «tuer» les déportés. L'ancien ministre de la Justice, Ibrahim, révéla pour sa part qu'un « nombre non négligeable » ( mühim bir yekün) de prisonniers de droit commun avaient été libérés et recru-lés par l'Organisation spéciale.
Des dépositions analogues ont été recueillies lors des débats parlementaires qui eurent lieu en octobre-décembre 1918. Le 11 décembre 1918, un député de Trébizonde, Mahmoud Hafiz, qui était avocat, décrivit comment il avait personnellement vu des Arméniens contraints de monter à bord d'une péniche, qui avait été conduite en haute mer, où ils avaient tous été noyés. Il ajouta que cette pratique avait été mise en oeuvre dans toute la région de Trébizonde, le long de la mer Noire, par le gouverneur général. Dans son discours d'investiture, le président du Sénat, Ahmed Riza, s'insurgea le 19 octobre 1918 contre la « sauvagerie» avec laquelle les Arméniens ottomans avaient été assassinés (vahsiyane ödürülen Ermeniler). Et le 21 novembre 1918, le sénateur Resid Akif, un homme d'État ottoman honorable, reconnut dans un discours devant le Sénat avoir vu un document interne secret d'Ittihad dans le bureau du président du Conseil d'État : c'était une circulaire, qui ordonnait aux fonctionnaires régionaux du parti de lancer les massacres (mukatelei zalime) en utilisant des criminels (çetes), dès que les déportations auraient commencé.
On trouve en outre une pléthore de souvenirs personnels, dont ceux de l'ancien général Ali Fouad Erden, chef d'état-major du commandant de la quatrième armée, Djemal Pacha. Le général rejette catégoriquement la version officielle selon laquelle les déportations avaient pour but de déplacer les populations vers une autre région, puisque « rien n'avait été prévu ni organisé pour loger les centaines de milliers de déportés». Un autre auteur, l'historien Ahmed Refik (Altinay), qui servit dans le 2e département des services secrets de l'état-major ottoman, rapporte dans son autobiographie « qu'Ittihad s'était donné pour but de détruire les Arméniens » (Ermenileri imha eîmek), et que « les crimes les plus abominables furent ceux perpétrés par les criminels recrutés par l'Organisation spéciale » {en büyük cinayetleri bu çeteler ika ettiler).
Si on essaie de reconstituer le puzzle à partir de ces divers éléments, on voit se dessiner les grandes étapes du génocide arménien. La première étape fut d'affaiblir la communauté en enrôlant de force tous les hommes valides, dans le contexte de la mobilisation générale décrétée par la Turquie qui, bien qu'officiellement neutre, signait en secret, le 2 août 1914, un pacte militaire et politique avec l'Allemagne impériale. La deuxième étape coïncide avec le début du génocide quand, au printemps 1915, des intellectuels, des enseignants, des prêtres, des avocats, des marchands et divers autres notables arméniens sont, dans une action synchronisée, arrêtés par milliers, de nuit, à travers l'Empire, et déportés pour être liquidés dans leur immense majorité. Ces mesures draconiennes décapitèrent la communauté arménienne et semèrent la terreur. Le chef de la police d'Istanbul, Bedri, se vanta devant l'ambassadeur américain Henry Morgenthau que les détails macabres des tortures auxquelles étaient soumis les notables de la communauté « étaient le sujet de discussions nocturnes au siège » d'Ittihad (Jeunes-Turcs) et que les bourreaux « réfléchissaient constamment aux nouvelles souffrances qu'ils pourraient leur infliger». En outre, des hommes furent pendus en public dans les grandes villes de l'Empire.
L'étape suivante, de loin la plus meurtrière, fut la déportation massive de l'ensemble de la population arménienne, désormais constituée essentiellement de femmes, d'enfants et de vieillards. Officiellement, on les déportait pour les « reloger » dans des camps que le gouvernement était censé avoir préparés pour eux dans les déserts de Mésopotamie. En réalité, la plupart de ces convois, et plus particulièrement ceux de Turquie orientale, furent attaqués et massacrés sans pitié par des bandes de criminels spécialement recrutés et commandés par des officiers de l'armée régulière soigneusement sélectionnés. Dans les provinces de Bitlis, de Kharpout, d'Erzeroum et certaines régions de Van, la majorité des victimes furent achevées sur place on avant même de quitter la province. Dans la plaine de Mouch, qui comprenait environ 90 villages et bourgs arméniens, environ 80000 personnes furent brûlées vives dans les étables et les granges à foin. Dans la province de Trébizonde, tout le long du littoral de la mer Noire, quelque 50000 Arméniens furent éliminés par noyade, de même que d'innombrables victimes, qui périrent dans l'Euphrate et ses affluents. Ceux qui pourtant survécurent et traversèrent les différents obstacles mortels qui jalonnaient les routes de la déportation arrivèrent dans un état pitoyable en Mésopotamie, surtout ceux qui arrivaient de l'ouest ou du sud-ouest de l'Anatolie ; et là, au cours de l'été 1916, ils subirent une nouvelle vague de massacres, dans les régions de Deïr-es-Zor, de Rakka, de Ras-ul-Aïn et Khabour, sur ordre du gouvernement qui souhaitait les exterminer le plus rapidement possible. On estime à environ 150000 le nombre d'Arméniens assassinés dans cette seconde vague du génocide. Selon les statistiques officielles turques, 800 000 Arméniens furent tués au cours des déportations ; il faut ajouter les soldats et les officiers arméniens tués par d'autres militaires, les innombrables orphelins, les jeunes filles et les femmes contraintes au concubinage, qui durent rejoindre des harems après une conversion forcée à l'islam. D'autres femmes encore, jeunes et moins jeunes, furent violées avant d'être tuées ; celles qui résistaient étaient mutilées puis assassinées.
Tous les éléments concordent pour démontrer que le génocide arménien fut un acte intentionnel, qu'il fit l'objet d'une planification centralisée. Il fut conçu, organisé, contrôlé et mis en oeuvre essentiellement, sinon exclusivement, par le comité central du parti Ittihad, qui travaillait dans l'ombre comme un organe exécutif secret mais tout-puissant, contrôlant les rouages de l'État. C'est à cette même conclusion que parvenait le commandant de la 3e armée ottomane, le général Vehib : la plupart des massacres s'étaient produits dans sa zone avant qu'il n'en prît le commandement et il enquêta personnellement sur ces atrocités au moment de la cour martiale, qu'il institua lui-même au cours de l'été 1916. Voici ce qu'il déclarait : « Le massacre et la destruction des Arméniens, et le pillage de leurs biens, furent la conséquence de décisions prises par le comité central jeunes-turcs... Les atrocités furent commises dans le cadre d'un programme préétabli ; il ne fait aucun doute qu'elles furent préméditées (mukarrer bir program ve mutlak bir kasd tah-tinda)... Les bourreaux étaient des gibiers de potence, et des gendarmes aux mains teintées de sang et aux yeux aveuglés par le sang (eli gözü kanli jandarmalar)... Dans toute l'histoire de l'Islam, on ne trouve pareil exemple d'atrocité et de sauvagerie (tarihi Islamda misli görülmemis bir zulum)... La justice divine n'agit pas toujours dans l'instant, mais elle ne saurait se dérober (Adaleti Allahiyede imhal var ihmal yoktur). »
Vahakn N. Dadrian